Het systeem van de WNT is zo ingericht dat iedere rechtspersoon of instelling waarop de wet van toepassing is onder de verantwoordelijkheid van één ministerie valt en er één regeling/bezoldigingsmaximum geldt. De 'voorrangsregels' in artikel 1.1, onderdeel o, WNT geven uitsluitsel als de WNT-instelling in meerdere sectoren actief is. De algemene regel is dat een specifiek criterium op de bijlagen bij de WNT voorgaand op de algemene criteria in bijvoorbeeld artikel 1.3, eerste lid, onderdelen a t/m c, WNT. In dit geval gaat het zijn van jeugdhulpaanbieder als bedoeld in de Jeugdwet (onderdeel 2 onder Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport, bijlage 1 WNT) voor op gemeentelijke subsidie (artikel 1.3, eerste lid, onderdeel c, WNT). De WNT-instelling valt dus onder de verantwoordelijkheid van de minister van VWS en het bezoldigingsmaximum volgt uit de sectorregeling zorg en jeugdhulp. Daarbij doet niet ter zake dat het grootste deel van de inkomsten uit gemeentelijke subsidies bestaat.